Acho que não falaram que ela não sabia de Marte. Na 1ª temporada a Paradox fala que ela auxiliou os marcianos a tomarem o Santuário por dentro, então provavelmente a Integra ou fugiu ou ficou presa (durante a 1ª temporada no episódio que mostra a morte do pai do Souma comentam que ainda existem alguns dissidentes, mas que eles estão sendo capturados/mortos e que o pai do Souma meio que era uma liderança pra esse pessoal).
Mas, claro, como eles NÃO expandiram nessa parte do roteiro, pode dar a entender o que o espectador quiser, o que é um problema.